Gli anni novanta
Il 16 novembre 1990 esce l'album Oltre, la cui uscita era stata rimandata anche a causa di un incidente automobilistico che aveva colpito il cantautore durante la registrazione dello stesso. Fra gli ospiti che suonano nell'album vi sono Paco de Lucía, Pino Daniele, Mia Martini, Youssou N'Dour, Didier Lockwood, Manu Katché, Hossam Ramzy e Oreste Lionello. L'album fu seguito dal tour Oltre il concerto e totalizzò 800.000 spettatori. Nel settembre del 1992 partecipa al "Concerto contro la mafia", "Giù la maschera" a Palermo dopo l'uccisione dei giudici Giovanni Falcone e Paolo Borsellino, cantando la canzone "Noi no". Nel 1994, è ospite del 34º Festival Internacional de la Cancion de Viña del Mar, in Cile. Compone e canta Acqua nell'acqua, canzone ufficiale della VII edizione dei Campionati mondiali di nuoto svoltisi a Roma.
Nel 1995 l'album esce Io sono qui, il cui singolo omonimo viene presentato il 23 settembre con un concerto su un camion giallo a Castelluccio di Norcia, in Umbria.[13] Nello stesso anno fonda ClaB, un'associazione che sostituisce la vecchia fanzine Note di Claudio, pubblicata per quasi dieci anni nella rivista Blu, il cui primo raduno si tiene al Palazzetto dello Sport di Roma. Il 27 ottobre 1996 viene invitato in qualità di ambasciatore della FAO al World Food Day Concert che, riunisce artisti di calibro internazionale, in un evento musicale tenutosi a Roma davanti al Colosseo; la sigla Koinè è la sua composizione per l'avvenimento. Al Concerto di Natale del 1996 nella sala Nervi del Vaticano, canta Avrai davanti a Giovanni Paolo II, accompagnato dall'Orchestra Filarmonica di Torino. Durante questo periodo è frequente ospite nel programma televisivo Quelli che il calcio.
Baglioni in concerto al Pian Grande di Castelluccio nel 1995, per il lancio dell'album Io sono qui.
L'anno successivo partecipa come conduttore assieme a Fabio Fazio alla trasmissione televisiva di Rai 2, Anima mia, in cui vengono scherzosamente rivisitati gli anni settanta. Sulla scia del grande successo della trasmissione, pubblica l'album Anime in gioco, in cui esegue alcune sigle televisive di programmi d'intrattenimento degli anni settanta. Nel 1998 la FIGC, in occasione del suo centesimo anniversario, gli commissiona un inno, Da me a te, presentato a Parma in occasione dell'amichevole Italia-Paraguay. Compie anche un tour negli stadi di Roma, Milano, Palermo e Napoli: il concerto viene anche trasmesso dalla RAI in diretta sia per l'esibizione all'Olimpico di Roma. Nel 1999 esce Viaggiatore sulla coda del tempo, il quale viene presentato negli hangar degli aeroporti di Firenze, Milano, Napoli e Catania.
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